对于男性尿道炎患者，在尿道炎的治疗上应当主要针对能够导致严重后果的病原体，例如淋球菌及沙眼衣原体。病人的性伴侣也应当做尿道炎的检查和治疗，经治疗，尿道炎病人的症状持续存在，或症状消失后又复发，最可能的原因是性伴侣未经治疗。未经治愈与性伴侣性交，病菌由未经治疗的性伴侣再次传给患者。须知有40％的非淋菌性尿道炎患者是没有任何症状。所以不但患者本身要治疗，其性伴侣也应接受预防性的药物治疗，方法与患者相同。